故事敘述五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海，留下宗介與媽媽相依為命。一天當他在山崖下岩石遍佈的海灘上玩耍時，撿到了一隻困在玻璃瓶裡的人魚─波妞，宗介救出波妞兩人因此成為好朋友，但是波妞的父親─魔法師藤本，逼著波妞跟他回到海裡...