主角是二戰末期從神風特攻中擅自脫隊的戰鬥機駕駛員，一降落在大戶島上就遇見尚未變成巨獸的當地傳說生物「吳爾羅」，卻因自己的膽怯而害島上守軍全滅。帶著陰影回到殘破東京的主角，在殘骸中試圖重新開始人生，但哥吉拉卻漸漸從海上開始逼近他的新生活，並再度粉碎他和戰後民眾拾回的一切。電影後半，勉強活下來的主角與眾人，在美日政府袖手旁觀的情況下，以民間僅剩的力量試圖擊倒哥吉拉，希望替 1945 年未竟的那場戰爭劃下真正的句點...