三年前打敗了機械哥吉拉之後，金剛已經在地球空心建立了他的新領地，並且正在尋找其他的同類。在地表，哥吉拉繼續維持人類和泰坦巨獸之間的秩序，當他在羅馬殺死在城市暴走的斯庫拉後在羅馬競技場休息。然而在地球表面上，君主組織駐紮在地心家園的觀察站捕獲到一個未知訊號。這個訊號引起了來自骷髏島伊維族最後一個已知倖存者吉雅的注意，哥吉拉也感知到了這個訊號離開羅馬，攻擊法國的一個核電廠後吸收了輻射。然後前往北極的泰坦提亞瑪特的巢穴。君主組織認為哥吉拉正在增強自己的力量，以迎接即將到來的威脅...